ستونهاي مسجدالنبي (ص) در زمان پيامبر از نخل خرما در داخل مسجد برافراشته شدند و سقف مسجد را بر آن ستون بنا کردند.  ستونهاي اوليه، شش عدد بودند که در حال حاضر ستونهايي با همان نامها و در همان مکانها وجود دارند.  در واقع بايد گفت به رغم تغييراتي که در ظاهر اين ستونها پديد آمدند، مح اصلي آنها حفظ شده است. 

هر يک از ستونها يادآور حوادث و رخدادهاي مهمي در تاريخ اسلام بودند با توجه به پيشينه تاريخي نامي به خود گرفتنه اند که امروز زينت بخش مسجدالنبي و زنده کنندة خاطره فداکاريهاي پيامبر اکرم (ص) و صحابة ان اسوة بشريتند.  اسامي اين ستونها عبارتند از:

استوانه يا ستون مخلقــه

اين ستوننشانگر نمازگاه پيامبر (ص) در آن دوران است که به مخلقه مشهور شد.  رسول گرامي هنگام خواندن خطبه ها به درختي به نام حنانه تکيه مي داد و آن را به عنوان منبر خويش قرار داده بود.  اين درخت در مکان ستون مخلقه قرار داشته است.  به عبارت ديگر، اين نزديکترين ستونها به محراب نماز آن حضرت است.  اکنون ستون مورد نظر کمي جلوتر از محل اصلي و بر بالاي آن نيز عبارت اسطــوانه المخلقه ديده مي شود.  نامگذاري آن به المخلقه بخاطر عطر و خلوقي است که برروي آن مي سوزاندند تا فضاي مسجد را عطرآگين کنند.  البته بر تعدادي از ستونهاي ديگر نيز خلوق مي گذاشتند و بعضي از آنها ايز به اين سبب نام المخلقه برخود گرفته اند.

ستون القرعه يا عايشه

مورخين در مورد نامگذاري ستون القرعه چنين گفته اند:  پيامبر اکرم (ص) فرمودند در مسجد من مکاني است که اگر مردم مي دانستند در کنار آن نماز نمي خواندند، مگر آنکه در بين خود قرعه مي زدند.  اين ستونها دقيقاً در وسط ستونهاي اصلي مسجد قرار دارد يعني بين اين ستون تا منبر اصلي رسول اکرم (ص) دو ستون، تا قبر مطهر ايشان دو ستون، تا قبله و محراب کنوني نيز دو ستون و تا صحن اوليه مسجد که هنوز مسقف نشده بود يعني به موازات ماذنه بلال نيز دو ستون فاصله دارند.  وجه نامگذاري اين ستون به عايشه آن است که عايشه احاديثي در فضيلت اين ستون روايت کرده است لذا مهاجران گرداگرد آن نشسته و نماز مي خواندند.

ستون تــــوبـــه يا ابــولبــابــه

ستون توبه يکي از ستونهاي بسيار پر اهميت و با فضيلت اصلي مسجد است که سابقه اي درخشان در تاريخ صدر اسلام دارد.  در کتب تاريخي نقل شده است که ابولبابه بن عبدالمنذر يکي از بزرگان قبيله اوس هنگام غزوه بني قريظه به درخواست يهوديان به عنوان مشاوره از سوي پيامبر نزد آنان رفت تا هشدار رسول خدا (ص) مبني بر تسليم يا خروج آنان از مدينه را به علت پيمان شکني به اطلاع مردم اين قبيله برساند.  ابولبابه  در مجلس مشاورة خود پس از ديدن گريه و زاري زنان و کودکان يهود بني قريظه به رقت آمد و خودسرانه با اشارة دست به گلوي خود به آنان فهماند که اگر تسليم شويد مسلمانان همة شما را خواهندکشت.  ابولبابه پس از پي بردن به اشتباه خود يکسره به مسجدالنبي (ص) آمد و خود را به يکي از ستونهاي مسجد بست تا شايد خداوند از کردار زشت او بگذرد و يا مرگ او را برساند.  اصحاب پيامبر (ص) نزد آن حضرت رفته و از او خواستند تا از گناه ابولبابه در گذرد و رسول خدا (ص) نيز فرمود اگر پيش من مي آمد از خداوند برايش طلب آمرزش مي کردم اما اکنون مستقيماً به خداوند پناه برده و بايد از جانب او مورد عفو و بخشايش قرار گيرد.  سرانجام پس از مدتها به هنگام سحر، خداوند توبة ابولبابه را با نزول آية و آخرون اعترفوا ... پذيرفت.

ستــون ســـريـــر

ابن زباله يکي از مورخين در بيان محل شب زنده داري پيامبر (ص) نقل کرده است که حضرت تختي از چوب خرما داشتند که روي آن به پهلو مي خوابيدند يا به اعتکاف و شب زنده داري مي پرداختند.  اين ستون در حال حاضر به ضريح پيامبر (ص) چسبيده است.

ستــون محـــــرس

اين ستون به نام اميرالمؤمنين علي بن ابي طالب (ع) نيز معروف بوده است، زيرا محرس به محل نگهباني گويند و حضرت علي (ع) در کنار آن مي ايستاده و به محافظت از جان پيامبر (ص) مي پرداخته است.

ستون وفـــــــود

اين مکان محل جلوس پيامبر (ص) براي ديدار با دسته ها و قبايل عرب بود.  آنها در اين مکان اسلام آورده و يا با آن حضرت به بحث و گفتگو مي پرداختند.

ستــــون تهجّــــــــد

رسول خدا (ص) شبها حصيري به همراه خود آورده و پس از خارج شدن مردم از مسجد در پشت خانة علي (ع) پهن مي کردند و تا صبح به تهجّد و شب زنده داري مي پرداختند.  در اين مکان محرابي به نام تهجّد ساخته شده بود.  مکان اين ستون قبل از توسعة مسجدالنبي (ص) در کنار محل اصلي باب جبرئيل قرار داشته است.