خانة پيامبر اکرم (ص) گه بعدها محل دفن آن حضرت شد در سمت جنوب شرقي مسجد بنا شده و در مجاورت اين خانه که در نهايت سادگي و از خشت و شاخه هاي خرما ساخته شده بود، حجره ها و خانه هاي کوچکي نيز وجود داشتند که مجموعاً شامل 9 اتاق بودند و از حجره حفصه آغاز و تا حجرة عايشه ختم مي شدند.  خانة فاطمه (س) مجاور و پشت خانة پيامبر (ص)ـ که عايشه در آن بسر مي بردـ قرار داشته است.  پيامبر هنگام خروج از خانة عايشه در کنار روزنه اي که بين خانه فاطمه (س) و عايشه بود هر روز بر دخترش سلام مي فرستاد و احوال او را جويا مي شد. 

با توجه به اين نکته مسلم است که خانه فاطمه (س) بين منبر، قبر و ستون تهجد بوده است و هم اکنون نيز دري کوچک به نام فاطمه (س) در همين مکان وجود دارد که به سختي ديده مي شود.  نيمي از خانة عايشه محل دفن پيامبر (ص) شد و نيمي ديگر همچنان در اختيار عايشه ماند که در زمان وليدبن عبدالملک پس از تخريب خانه هاي دختران و همسران پيامبر (ص)، اين خانه نيز تخريب شد و در اطراف مرقد پيامبر (ص)ن يک ديوار چهار ضلعي بنا شد که در دوران متوکل، زمينها و ديواره آن با سنگ مفروش شدند.  خانة ابوايوب انصاري هم در سمت جنوب شرقي خانة پيامبر (ص) قرار داشته است و اين همان خانه اي است که شتر{القصوه} بر آن زانو زد و سعادت ميزباني رسول خدا (ص) به صاحب اين خانه رسيد. 

خانه دو طبقه ابوايوب انصاري که در سالهاي پيش به مغازه اي تبديل شده بود، متاسفانه اخيراً در توسعه مسجد، تخريب شده است.  خانه هاي خليفة اول، دوم، عباس عموي پيامبر (ص)، جعفر و عقيل برادران علي بن ابيطالب (ع)، عبدالله بن مسعود، طلحه بن عبيدالله و عماربن ياسر نيز در مجاورت مسجد بوده و در دورة اموي تخريب شده اند.  همچنين خانه حضرت امام صادق (ع) و حضرت امام سجاد (ع) نيز در مجاورت مسجد قرار داشته و در سالهاي اخير خراب شده اند.