مساحت اولية مسجدالنبي نزديک به 2071 متر مربع و 70 ذرع طول و 60 ذرع عرض آن بوده است.  به هنگام جنگ خندق، ضرورت توسعة آن بعلت افزايش جمعيت مسلمين احساس شد و پيامبر (ص) مسجد را به صورن مربع 100×100 ذرعي در آوردند (يعني قريب 2433 مترمربع) .  در زمان خليفة دوم تا سال 17 هجري خانه هاي مجاور تخريب و بر مسجدالنبي افزوده شد.  در دوران وليدبن عبدالملک بقاياي منازل صحابه در مجاورت مسجد تخريب شدند و اين تخريب ها با واکنش هايي از سوي صاحبان خانه ها روبرو بوده اند.

در دوران حجاج بن يوسف پس از هجوم وي به مدينه و قتل و کشتار سادات و بني هاشم در واقعة حره واقم مسجدالنبي دچار حريق شد.  در سال 654 ق نيز مسجدالنبي بر اثر بي احتياطي يکي از خادمان حرم، آتش گرفت و مردم مدينه از معتصم عباسي خواستار ترميم آن شدند که وي بخشي از آن را ترميم و بخش ديگر را امير مصر بازسازي کرد. 

در سال 886 براي سومين بار مسجدالنبي در اثر رعد و برق دچار آتش سوزي شد و نماي طاهري آن به کلي از بين رفت.  عدة زيادي در مسجد کشته و زخمي شدند و بر اثر اين حادثه منارة رئيسيه فرو ريخت.  حکام مصر (مماليک) پس از اطلاع از اين جريان به ترميم آن پرداختند و دو گنبد نيز در دارالسلام برپا کردند.

  بعدها در دوران عثماني مسجد توسعه يافت و محموع مساحت آن بالغ بر 10300 متر مربع شد و سعوديها نيز بالغ بر 12270 مترمربع بر مسجدالنبي افزودند.  بر طبق آمار سال 1363 مجموع مساحت مسجدالنبي به 16327 مترمربع رسيده و در چند سال اخير با افزوده هاي موجود مساحت مسجدالنبي بالغ بر 20 هزار متر مربع است.