در دوران پيامبر (ص) مناره اي بر اين مسجد نبوده و ظاهراً غلامي از عباس بن عبدالمطلب که او را کلاب مي گفته اند، مناره اي براي آن ساخته است.  در زمان وليدبن عبدالملک اموي (88 ه ق) چهار مناره در چهار گوشه مسجد بپا داشتند که بعدعا تجديد بنا يا تخريب شده اند.  در پايان عصر عثماني تعداد مناره ها به 5 عدد رسيد و اخيراً هم مناره باب الرحمه که در مجاورت باب الرحمه قرار داشت، تخريب شده است.  سبک معماري مناره ها عموماً عثماني و الهام گرفته از سبک معماري يوناني است.  معماري مناره هاي اخير نيز به تقليد از معماري دوران عثماني است.  مناره هاي کنوني عبارتند از:

1.        مناره رئيسيــه

در ضلع شرقي ديوار قبلي مسجد قرار دارد که آثار سطان اشرف قايتباي (886 ه ق) است و با 60 متر ارتفاع در کنار قبه الخضراء قرار دارد.

2.        مناره باب الســـلام

در ضلع غربي ديوار قبلي مسجد قرار گرفته است.  اين مناره توسط عمر بن عبدالعزيز بنا شد ليکن چون بر منزل مروان مشرف بود به دستور خليفه تخريب شد.  بعدها اين مناره، در سال 706 مجدداً بنا شد که هم اکنون در سمت باب السلام واقع است.

3.        مناره شکيبيه

در جريان توسعه هاي دوران ملک عبدالعزيز در ضلع شرقي بنا شده است.

4.        مناره سليمانيه

همزمان با مناره قبلي و در ضلع غربي ساخته شده است.  اين دو مناره اخير، هر کدام هفتاد متر ارتفاع و 17 متر پي و اساس دارند.  لازم به ذکر است که چندين منارة جديد نيز در دهه اخير بنا شده اند.